Úředně stanovená nadmořská výška obce je 320 m n. m., vlastní katastr je velmi rozmanitý: z téměř ideální roviny u toku Moravy se prudce zvedá na východ ke Zbové (445 m n.m.) a na sever na Burdovu horu (498 m n.m.). 

Bohutínský katastr o rozloze 226 hektarů je na jihu a západě lemován řekou Moravou, jejímž údolím vede železniční trať ze Šumperka a Bludova do 

Hanušovic. K severu a východu se terén zvedá a Burdovou horou dosahuje výšky téměř 500 m. Přes Bohutín, který má střední nadmořskou výšku 316 m, vede silnice z Klášterce do Bludova.